北部与吉尔吉斯斯坦交界，国境线长286.7公里。县境东西长197.6公里，南北宽150.7公里，总面积16797平方公里（包括乌宗图什河源地区2 843平方公里以及与邻县争议地区3 085.5平方公里）。有别迭里、契恰尔两大山口可通中亚各国，是下化柯尔克孜为主体的多民族聚居的边境县。

　　阿合奇县海拔1730-5958米，自然环境独特，资源丰富，具备较好的投资条件。（1）水资源丰富，托什干河年径流量26亿立方米；（2）草地资源丰富。拥有天然草场1200余万亩，发展畜牧业具有广阔前景，是理想的绿色环保动植物产品基地；（3）矿产资源丰富。已探明会计师的有20多种矿产，金、铁、铜、铅、铅锌、铁锰、重晶石、蛇纹石、大理石、石膏、粘土矿等储量可观；（4）旅游资源丰富。阿合奇是古丝绸上的古城，为西域三十六国中的尉头国，是着名史诗《玛纳斯》的故乡，阿合奇县已开发出一批以托什干河风光，居素甫。玛玛依故居、乌赤古城遗址、别迭里布拉力烽火石、木孜力克岩画、猎鹰故乡等重点旅游项目。