西苑铁路运行了10余年的时间。直到光绪二十六年（1900年），八国联军侵占了北京，慈禧太后带着光绪皇帝仓皇出京西逃。八国联军对这条御用铁路，尤其是北海里的这段铁路进行破坏，拆毁了大部分路段。

　　隆裕太后欲重修西苑铁路

　　宣统时期，隆裕太后和溥仪也想体验一下慈禧太后和光绪皇帝乘火车的威风，便打起了重修西苑铁路的主意。他们面对被毁了大半的残石断轨，也不顾清朝国库银两的短缺，于宣统三年（1911年），由总管太监张恒泰口传隆裕太后懿旨，命将中、北海铁路、轮车迅速一律补齐。

　　内务府的官员不敢有丝毫的怠慢，遵照懿旨，立即开始丈量。勘估出北海需要修的铁路，分别是阳泽门至阐福寺和阐福寺至大西天两段。但是承修西苑铁路，不像其他的工程，它的工程质量要求非常严格，用料也是极为讲究的。可是，工程所需的银两实在是无处可筹，只好向皇帝求助，但是这个问题还没有解决的时候，清王朝就被武昌起义摧毁了，修复铁路的事情也就这么不了了之了。

　　直到1925年北海公园正式开园以前，才将残余的西苑铁路完全拆除。据说，在20世纪五六十年代，建设十三陵水库、怀柔水库和密云水库的时候，还将小火车调到了水库工地，来拉带拖车运送土方石料。据新华网