1945年11月20日，在盟总的监视下，靖国神社举行了大祭，这是日本战败后的第一次，也是最后一次由国家主持的大祭。裕仁天皇和币原首相为首的政府各级官员以及日军代表参加了大祭，参拜者人数达到3万人。为了给盟总留下良好的印象，军人们穿着西服入列参拜。

日本人的伪装终于有了收获，1945年12月15日，盟总发布了麦克阿瑟第448号指令，即所谓的“神道指令”，宣布废止国家神道，实行政教分离。但这道命令却同意靖国神社脱离国家管理成为宗教法人，并与其他宗教团体享受同等待遇，靖国神社终于逃过了灭顶之灾。

罗马教廷代表劝阻麦克阿瑟，美为冷战考虑保留靖国神社

1946年4月，靖国神社接到盟总的新通告，禁止天皇参拜靖国神社。接着，在中国、苏联等国的强烈要求下，美军用水泥将靖国神社内纪念日军侵略战争的13米高的大石灯笼抹平。11月，盟总又发布了关于靖国神社的新指令，指出靖国神社是军国主义神社，不承认将国有土地转让给神社，靖国神社存在的合法性再次遭到了质疑。1951年9月，盟总批准了土地转让事宜，靖国神社最终得以苟延残喘。此时的靖国神社虽已降为一般性的宗教团体，但神社中供奉的战争亡灵的灵位并没有撤除。

随着1952年美军占领时代的结束，各种祭拜靖国神社的活动相继“死灰复燃”。靖国神社摇身一变成为少数右翼势力为军国主义招魂、为侵略战争翻案的政治舞台。

至于当年美军为何没有烧毁靖国神社，据说是麦克阿瑟征询了罗马天主教教廷驻日代表比特神父的意见后，中止了烧毁靖国神社的计划。然而比特神父仅靠一人之力就能保住靖国神社么？真正的答案显然不是这样。

几十年后，一份盟总的解密文件揭开了谜底。这份名为“关于靖国神社的将来的见解”的文件赫然写道：“应该保留靖国神社，废止恐怕反而会增加事端。”文件指出了没有废止靖国神社的理由——美国人担心这不利于美国对日本的占领。正如巴斯后来在接受日本NHK电视台采访时回忆说：“继续制裁日本，不是我们的愿望，那时的日本，正按照我们的期望在行动。”当时，随着冷战的激化，美国大幅度改变了占领政策，不但停止清算日本的战争罪行，而且打算将日本建造成“共产主义的防波堤”。